12 �vvel ezel�tt a kilenc fark� r�kd�mon (Kyuubi) tartotta retteg�sben  a rejtett lev�l falut, Konoh�t. A d�mon olyan er�s volt, hogy fark�nak egyetlen suhint�s�val hegyeket t�ntetett el �s sz�k��rat id�zett el�. A sz�rny rengeteg embert meg�lt. A Negyedik Hokag�nak saj�t �let�t fel�ldozva siker�lt elz�rnia  a r�kad�mont �jsz�l�tt fia Uzumaki Naruto test�be.

A Harmadik Hokage (A Negyedik Hokage hal�la ut�n ism�t �t v�lasztott�k) megtiltotta a falu lak�inak, hogy besz�ljenek arr�l, amit tudnak. M�g a saj�t gyerekeiknek sem mondhatt�k el a 12 �vvel ezel�tt t�rt�nteket, de sz�leik Naruto fel� tanus�tott viselked�s�kb�l az gyerekek is elkezdtek ellens�gesen viselkedni a fi�val. Naruto �gy bar�tok, csal�d �s elismer�s n�lk�l n�tt fel. Nem er�ltethette azt, hogy az emberek bar�tkozannak vele, �gy m�s m�don igyekezett mag�ra vonni a figyelmet. Ezt cs�nytev�sekkel, bajkever�ssel pr�b�lta el�rni. Ez megv�ltozott, amikor hivatalosan is ninja lett. Ezt a t�bbsz�r�s �rny�kkl�n technika alkalmaz�s�val �rte el, amikor megmentette mester�t, Umino Iruk�t az �rul� ninja Mizuki karmaib�l. A kaland sor�n k�t dologra �bredt r� Naruto: az egyik, hogy a kilenc fark� r�kad�mon benne lakozik; a m�sik pedig, hogy voltak akik t�r�dtek vele (Iruka �s a Harmadik Hokage). Naruto  Genin� v�l�sa ind�tja el az esem�nyek folyam�t.

A t�rt�net folyam�n megismerhetj�k Narutot �s bar�tait. Nyomon k�vethetj�k szem�lyis�g�k, valamint ninja-k�pess�geik fejl�d�s�t, �let�k alakul�s�t amelyet egym�sra tett hat�suk �s m�ltjuk egyar�nt befoly�sol. Naruto k�t t�rsra, �s egyben bar�tra tal�l  Sakura �s  Sasuke szem�ly�ben, akikkel egy h�rom f�s csapatot alkotnak a tapasztalt mester  Hatake Kakashi oldal�n.

Kalandjaik sor�n megismerik a k�rnyez� falvakat �s azok lakosait, egyre szorosabb sz�lak f�zik �ket egym�shoz �s nem utols� sorban �j k�pess�gekre tesznek szert. Az id� m�l�s�val Naruto egyre k�zelebb ker�l ahhoz, hogy �lma teljes�l�n: � legyen a  Hokage.

A Narutoban l�nyeges szerepet j�tszik a szem�lyis�gek fejl�d�se, amely befoly�solja a cselekm�ny alakul�s�t. Els�sorban a 7-es sz�m� csapat tagjaira, Narutora, Sakur�ra �s Sasuk�ra fekteti a hangs�lyt, de ugyan�gy megfigyelhet�ek a v�ltoz�sok Kakasih, Jiraiya, Tsunade valamint a m�s csapatokban l�v�, illetve m�s falvakban �l�k viselked�s�ben. Mellett�k term�szetesen negat�v szerepl�ket is megismerhet�nk, �gy, mint Zabuza Momochi a rejtett K�d-falubeli elveszett nindzsa �s t�rsa, Haku. K�s�bb a Chunin vizsg�k sor�n megismerhetj�k Orocimarut, aki egy S-oszt�lyba tartoz� elveszett ninja Konoh�b�l. A t�rt�net folyam�n felt�nik az Akasuki nev� t�rsas�g, akiknek egyik c�lja a Narutoban lak� Kilencfark� R�kad�mon megszerz�se.