12 évvel ezelőtt a kilenc farkú rókdémon (Kyuubi) tartotta rettegésben  a rejtett levél falut, Konohát. A démon olyan erős volt, hogy farkának egyetlen suhintásával hegyeket tüntetett el és szökőárat idézett elő. A szörny rengeteg embert megölt. A Negyedik Hokagénak saját életét feláldozva sikerült elzárnia  a rókadémont újszülött fia Uzumaki Naruto testébe.

A Harmadik Hokage (A Negyedik Hokage halála után ismét őt választották) megtiltotta a falu lakóinak, hogy beszéljenek arról, amit tudnak. Még a saját gyerekeiknek sem mondhatták el a 12 évvel ezelőtt történteket, de szüleik Naruto felé tanusított viselkedésükből az gyerekek is elkezdtek ellenségesen viselkedni a fiúval. Naruto így barátok, család és elismerés nélkül nőtt fel. Nem erőltethette azt, hogy az emberek barátkozannak vele, így más módon igyekezett magára vonni a figyelmet. Ezt csínytevésekkel, bajkeveréssel próbálta elérni. Ez megváltozott, amikor hivatalosan is ninja lett. Ezt a többszörös árnyékklón technika alkalmazásával érte el, amikor megmentette mesterét, Umino Irukát az áruló ninja Mizuki karmaiból. A kaland során két dologra ébredt rá Naruto: az egyik, hogy a kilenc farkú rókadémon benne lakozik; a másik pedig, hogy voltak akik törődtek vele (Iruka és a Harmadik Hokage). Naruto  Geniné válása indítja el az események folyamát.

A történet folyamán megismerhetjük Narutot és barátait. Nyomon követhetjük személyiségük, valamint ninja-képességeik fejlődését, életük alakulását amelyet egymásra tett hatásuk és múltjuk egyaránt befolyásol. Naruto két társra, és egyben barátra talál  Sakura és  Sasuke személyében, akikkel egy három fős csapatot alkotnak a tapasztalt mester  Hatake Kakashi oldalán.

Kalandjaik során megismerik a környező falvakat és azok lakosait, egyre szorosabb szálak fűzik őket egymáshoz és nem utolsó sorban új képességekre tesznek szert. Az idő múlásával Naruto egyre közelebb kerül ahhoz, hogy álma teljesülön: ő legyen a  Hokage.

A Narutoban lényeges szerepet játszik a személyiségek fejlődése, amely befolyásolja a cselekmény alakulását. Elsősorban a 7-es számú csapat tagjaira, Narutora, Sakurára és Sasukéra fekteti a hangsúlyt, de ugyanúgy megfigyelhetőek a változások Kakasih, Jiraiya, Tsunade valamint a más csapatokban lévő, illetve más falvakban élők viselkedésében. Mellettük természetesen negatív szereplőket is megismerhetünk, úgy, mint Zabuza Momochi a rejtett Köd-falubeli elveszett nindzsa és társa, Haku. Később a Chunin vizsgák során megismerhetjük Orocimarut, aki egy S-osztályba tartozó elveszett ninja Konohából. A történet folyamán feltűnik az Akasuki nevű társaság, akiknek egyik célja a Narutoban lakó Kilencfarkú Rókadémon megszerzése.